Posso agendar no horário do meio dia que o relógio ponto faça a marcação do ponto dos funcionários automático?

Não. O software não poderá permitir geração de horários automáticos, que vinham sendo usados para funcionários que não batiam ponto. Apenas cargos de confiança e que estão devidamente registrados como tal, não são obrigados a fazer a marcação de ponto.