Não tenho mais como bloquear o relógio ponto para evitar que meu funcionário bata o ponto em horários fora do expediente de trabalho?

Não. O Relógio não poderá mais bloquear a marcação do ponto do funcionário, ele deverá estar habilitado para o funcionário bater o ponto a qualquer momento. Mas na portaria nada impede que haja uma catraca ou porta que impeça que o funcionário bata o ponto.